متن پیام تسلیت آیتالله سید ابراهیم رئیسی، رئیس جمهور به شرح زیر است؛
بسمالله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
إِذَا مَاتَ الْعَالِمُ ثُلِمَ فِی الْإِسْلَامِ ثُلْمَةٌ لَا یَسُدُّهَا شَیْءٌ.
ارتحال مرجع عالیقدر شیعیان، حضرت آیتالله العظمی صافی گلپایگانی (طاب ثراه)، موجب تأثر و اندوه فراوان گردید.
این عالم ربانی که از شاگردان مبرز آیات عظام بروجردی، حجت و گلپایگانی بوده و پس از انقلاب اسلامی عضو مجلس خبرگان اول و مدتی مسئولیت خطیر دبیری شورای نگهبان را بر عهده داشت، با بینش عمیق دینی، زهد و سادهزیستی و قلبی سرشار از عشق به اسلام و اهل بیت(ع)، بویژه حضرت ولیعصر(عج) عمر گرانمایه خود را وقف مجاهدت در مسیر گسترش معارف اسلامی و نظام اسلامی نمود.
این مرجع والامقام همزمان با تلاش در پاسداری از ارزشهای دینی و تألیف آثار ارزشمند فراوان و تربیت شاگردان، در سنگر مبارزات انقلابی نیز حضوری فعال داشت. به یقین آثار ماندگار و سلوک معنوی ایشان همواره الهامبخش و چراغی فراروی طلاب و فضلاء و حوزههای علمیه خواهد بود.
اینجانب این ضایعه بزرگ را محضر مقدس حضرت بقیهالله الاعظم(عج)، مقام معظم رهبری (مدظله العالی)، حوزههای علمیه، بیت شریف و عموم مقلدان و شاگردان و دوستداران ایشان تسلیت عرض نموده و از پیشگاه خداوند متعال برای روح مطهر آن عالم وارسته، علوّ درجات و همجواری با ائمه اطهار(ع) مسألت دارم.
متن پیام محمدباقر قالیباف، رئیس مجلس شورای اسلامی نیز به شرح زیر است:
«بسماللهالرحمنالرحیم
إِذَا مَاتَ الْعَالِمُ ثُلِمَ فِی الْإِسْلَامِ ثُلْمَةٌ لَا یَسُدُّهَا شَیْءٌ
خبر ارتحال ملکوتی مرجع عالیقدر جهان تشیع، عالم زاهد و وارسته، شیخ الفقهاء حضرت آیتالله حاج شیخ لطفالله صافی گلپایگانی موجب تأسف و تأثر فراوان اینجانب شد.
این عالم ربانی و فقیه صمدانی سالهای جوانی خود را به تلمذ در محضر فحولی همچون حضرت آیتالله العظمی بروجردی، آیتالله سیدجمالالدین گلپایگانی و دیگر علمای برجسته در حوزههای علمیه قم المقدسه و نجف اشرف گذراند و خود به یکی از ستونهای محکم حوزهٔ علمیه تبدیل شد.
این روحانی جلیل القدر با عنایت به ضرورت اهمیت گسترش حوزههای فقهی و اندیشههای دینی با راهاندازی مراکز و موسسات از جمله مرکز تحقیقات اسلامی دارالزهرا(س) در زمینه دین پژوهی و تربیت طلاب و علاقمندان به دروس دینی و حوزوی تلاش فراوانی در مسیر حراست از حریم اسلام و شعائر اهل بیت علیهمالسلام در طول سالهای گذشته داشتند، که حاصل آن تربیت روحانیون و چهره برجسته در این عرصه بود.
ایشان در سراسر حیات پربرکت خویش بعنوان یکی از پرکارترین نویسندگان و اندیشمندان شیعی با انتشار بیش از ۸۰ عنوان کتاب به زبانهای مختلف دنیا از جمله منتخبالاثر فی الامام الثانی عشر، بیان الاصول، فروغ زیارت، امامت و مهدویت و دیگر آثار، نقش موثری در توسعه و تحقیق در زمینههای مختلف علوم اسلامی و فقهی داشتند.
همچنین آن فقیه روشنضمیر در بیان صریح مسائل مختلف کشور اعم از سیاسی، اقتصادی، فرهنگی و اجتماعی در همه ادوار و دولتهای مختلف اهتمام داشتند و پیش و پس از انقلاب اسلامی همواره یار و یاور وفادار حضرت امام خمینی (ره) و رهبر فرزانهٔ انقلاب بودند و با قبول مسئولیتهایی خطیر عمر خود را در مسیر خدمت به مردم گذراندند. آن وجود مبارک، با جمع علم و عمل، هم منشأ نشر معارف حقهٔ اهلبیت (ع) شد و هم در صحنه و میدان گره از کار مردم گشود.
ضایعهٔ مؤلمۀ فقدان ایشان در جامعهٔ اسلامی را محضر صاحبالعصر و الزمان حضرت بقیةالله الاعظم (عج)، مقام معظم رهبری (حفظهالله)، مراجع عالیقدر جهان اسلام، حوزههای علمیه، بیت معزز و مکرم و دوستداران و شاگردان ایشان تسلیت عرض میکنم، و برای روح پرفتوح آن عالم فرزانه از درگاه باریتعالی حشر با اولیا و انبیا و برای بازماندگان صبر جمیل و اجر جزیل را مسئلت میکنم.