هیئت مقررات‌زدایی در روند رسیدگی به تسهیل صدور مجوزهای کسب‌ و کار مسئولیت اعطای مجوز احداث مراکز خدماتی بین راهی را که بر اساس قانون سال ١٣٧٧ مجلس شورای اسلامی پیش‌تر بر عهده وزارت راه‌ و شهرسازی بود به وزارت میراث‌فرهنگی و گردشگری محول کرد. این اقدام با مخالفت جدی مجلس و معاونت حقوقی ریاست جمهوری مواجه شد.
یکی از اقدامات جدی دولت سیزدهم در بخش اقتصادی، تعیین و تکلیف نهادهای متولی اعطای مجوز و ساماندهی درگاه ملی مجوزها بود. در سال گذشته هیئت مقررات‌زدایی به عنوان یکی از متولیان اجرای طرح تسهیل صدور مجوزهای کسب‌ و کار فعالیت مهمی در خصوص مشخص کردن نهادهای مسئول صدور مجوز در هر بخش و زیربخش اقتصادی انجام داد. با این حال یکی از تصمیمات این هیئت که در پنجاه و پنجمین جلسه آن تصویب شده دردسر ساز شده‌است.
بر اساس این مصوبه، مسئولیت اعطای مجوز احداث مراکز خدماتی بین راهی که پیش‌تر در حوزه اختیارات قانون وزارت راه‌ و شهرسازی تعریف می‌شد به وزارت میراث‌فرهنگی و گردشگری محول شده‌است.
این تصمیم واکنش معاونت حقوقی ریاست جمهوری را بر انگیخت به صورتی که در نامه‌ای منتسب به این نهاد صراحتا اعلام شده‌ است که با توجه به صراحت قانون مصوب مجلس شورای اسلامی، تغییر مرجع قانونی صدور مجوز تاسیس و فعالیت مجتمع‌های بین راهی خارج از صلاحیت این هیات است و اگر اصراری بر تغییر این مرجع وجود دارد تنها راه قانونی آن اقدام از طریق  تدوین و ارسال لایحه و بررسی آن در مجلس است.
نمایندگان مجلس نیز با اعلام صریح مخالفت خود، ضمن نگارش تذکر کتبی به دولت متذکر شدند که این اقدام نه تنها خارج از حیطه اختیارات قانونی این هیئت است بلکه ناقض قانون نیز می‌باشد. تصمیم اخیر هیئت مقررات‌زدایی علاوه بر آنکه خلاف قانون بوده و می‌تواند خطرات زیادی را برای جان مردم در جاده‌ها ایجاد کند، فرایند اخذ مجوز را نیز طولانی‌تر می‌کند که با روح تشکیل آن هیئت در تعارض است و موجب سردرگمی شدید متقاضیان فعالیت در این بخش شده است.