امام خميني (س) در بيستم شهريور سال ۵۱، در نامه اي به حجت الاسلام والمسلمين سيد احمد آقا خميني، با گذاشتن نام ياسر بر فرزندشان مخالفت کردند. متن نامه امام به شرح زير است:
"بسمه تعالي

2 تقويمي شعبان 92

احمد عزيزم

مرقوم شما با امانتي[1]واصل شد. ان شاءاللّه‌ تعالي موفق و مؤيد باشيد و اشتغال به تحصيل و تهذيب نفس مستدام باشد. اينجانب بحمداللّه‌ سلامت هستم. چند روز قبل جواب مرقوم حضرت آقاي عمّ محترم[2] را داده‌ ام؛ اميد است واصل شده باشد.

شنيدم اسم بچه[3]را «ياسر» گذاشته‌ ايد؛ انتخاب خوبي نبوده و موجب حرفهايي هم مي‌ شود. يکي از حقوقي که فرزند به پدر دارد اين است که اسم خوب براي او بگذارد؛ اسم غير متعارفي که هرکس بشنود چيزي بگويد يا گفته شود تحت تأثير چه و چه واقع شده است، خلاف عقل است؛ مع‌ذلک خود دانيد. آقاي اخوي[4] و بستگانش سلامتند.ايشان شب ها پيش من هستند؛ يعني تا بعد از شام. هواي اينجا از شدت افتاده است و شب ها خوب است.

والسلام عليکم. پدرت

حضور مبارک حضرت آقا[5] سلام برسانيد. مخدرۀ محترمه را سلام مي‌ رساند.

1. آقاي سيد احمد خميني دربارۀ پاورقي هاي اين نامه چنين نوشته است:1 - امانتي اکثراً اعلاميه‌ ها و کارهاي مبارزاتي انجام شده بود که جاسازي مي‌ کردم و براي امام مي‌ فرستادم.

2 ـ حضرت آيت‌ اللّه‌ پسنديده.

3 ـ امام فکر مي‌ کردند که من نام ياسر را به خاطر ياسر عرفات گذاشته‌ ام! در صورتي که آن موقع اسم ياسر پدر عمار و ميثم و از اين قبيل اسم هاي انقلابيون صدر اسلام مرسوم بود و در ايران مي‌ گذاشتند. با اين وضع اسم پسرم را حسن گذاشتم که فعلاً در قم مشغول تحصيل علوم اسلامي است.

4 ـ اخوي، مرحوم داداش آقاي سيد مصطفي خميني.

5 ـ آيت‌ اللّه‌ پسنديده.