مدیرکل امور مالیاتی استان خراسان رضوی نیز اظهار کرد: مالیات آستان قدس رضوی به‌صورت دخلی و خرجی و پرونده آن‌ها در حال رسیدگی است، به پرونده همه پرداختی‌های این نهاد رسیدگی شده مگر این که معافیت‌های قانونی برای مالیات بر ارزش‌افزوده داشته باشند که مطابق ماده 12 قدیم و ماده 9 جدید مثلاً عملکردشان در محصولات کشاورزی منجر به این می‌شود که مشمول مالیات به نرخ صفر شوند.
به‌طورکلی این نهاد مشمول مالیات بر ارزش‌افزوده نیست بااین‌حال با رعایت تمام و کمال قوانین، به پرونده مالیاتی آن‌ها رسیدگی می‌شود.

حسین پور، معاون اداره کل مالیات استان در تکمیل توضیحات مدیرکل می‌گوید: بر اساس دستور مقام معظم رهبری، مالیات تکلیفی و ارزش‌افزوده واحدهای وابسته به آستان قدس مانند بقیه موارد اخذ و به‌حساب خزانه هم واریز می‌شود. برای مالیات عملکرد آستان قدس و سازمان‌های وابسته به آن، خود آستان قدس نذورات و موقوفاتش طبق ماده 139 مانند سایر تمامی آستان‌های مقدسه و موقوفات معافیت دارد. فقط بحث شرکت‌های وابسته به آستان قدس است که این‌ها هم به‌صورت جمعی و خرجی است یعنی از آن‌ها اخذ می‌شود، به‌حساب خاص واریز می‌شود و دوباره در اختیار خود آستان قدس قرار می‌گیرد.

معاون حقوقی می‌گوید: این نهاد اظهارنامه می‌دهد، تکالیف قانونی‌اش را انجام می‌دهد، حسابرسی می‌شود، مالیاتش اخذ می‌شود ولی به‌حساب دولت واریز نمی‌شود. درواقع این مسئله به شفافیت عملکردشان کمک می‌کند.